Este artigo descreve a implementação de um sistema de identificação individual e rastreabilidade digital voltado para a defesa sanitária de equídeos em São Luís, Maranhão. O estudo detalha a utilização de microchips subcutâneos associados à plataforma gratuita Epicollect5, que permite a coleta automatizada de dados biométricos, fotos e coordenadas geográficas via dispositivos móveis. Essa metodologia foi aplicada durante rotinas de exames para doenças graves como Anemia Infecciosa Equina e Mormo, visando substituir métodos tradicionais por registros mais precisos. Argumenta-se que a integração entre hardware de identificação e softwares de banco de dados é essencial para a segurança epidemiológica e a gestão eficiente de populações animais. O projeto demonstra a viabilidade econômica e técnica de criar um histórico digital confiável, facilitando o controle de surtos e a organização de abrigos municipais. Conclui-se que a modernização tecnológica no campo é fundamental para garantir a procedência dos animais e a agilidade nas ações de vigilância sanitária.
Palavra-chave: Rastreabilidade animal; Microchips; Epicollect5.